肛管直腸瘺主要侵犯肛管，很少涉及直腸，故常稱為肛瘺，是與會陰區皮膚相通的肉芽腫性管道，內口多位于齒線附近，外口位于肛周、皮膚處。整個瘺管壁由增厚的纖維組織組成，內復一層肉芽組織，經久不愈。